Am 1. Januar 1958 wurde Fregattenkapitän Heinz Seebens beauftragt, eine Marine-Seenotstaffel aufzustellen, um in Seenot geratene Schiffe auf deutschem Hoheitsgebiet zu retten. Dazu standen vier Hubschrauber vom Typ Sycamore zur Verfügung sowie Piloten, die zu diesem Zweck in Memmingen ausgebildet worden waren. Ein Jahr später kamen fünf Skeeter-Hubschrauber hinzu sowie die Propellerverbindungsflugzeuge Pembroke und Do 27. Damit war gleichzeitig eine Umbenennung in Marine-Dienst- und Seenotgruppe notwendig, die zu diesem Zeitpunkt aus Gruppenstab, Technischer Staffel und Horststaffel bestand.
Zum 1. Oktober wurde die Gruppe in Marine-Dienst- und Seenotgeschwader umbenannt, inzwischen gab es auch die Flugbetriebsstaffel und die Sanitäts- und Nachschubstaffel, im Jahr darauf kam noch die Staffel für Kraftfahrzeuge, Wartung und Elektronik hinzu. Daneben wurde der Flugplatz Westerland auf Sylt von den Briten geräumt, so dass dort die erste Außenstelle des Geschwaders eröffnet werden konnte.
1963 wurde das Geschwader mit neuen Hubschraubern vom Typ Sikorsky S-58 (H-34) verstärkt und es bekam seinen heutigen Namen Marinefliegergeschwader 5. Die erste Staffel des MFG 4, das die U-Boot-Jagd zur Aufgabe hatte, war ebenfalls in Kiel stationiert und dem MFG 5 administrativ und technisch unterstellt. Auf Borkum wurde 1964 die zweite Außenstelle an der Nordsee eingerichtet.
Zur Sicherung des Fliegerhorstes wurde dem Geschwader eine "Bodendienstverteidigungsstaffel" zur Verfügung gestellt, die seit Einführung der FK 20 nun Marinesicherungskompanie heißt. Anfang der 70er Jahre wurden die Flugzeuge Albatros im Rettungs- und Pembroke im Transportdienst ausgemustert und durch Flugzeuge vom Typ DO 28 Sky Servant ersetzt. Als 1975 der letzte Sikorsky H 34-Hubschrauber ins Deutsche Museum in München überführt wurde, übernahm der Sea King Mk41 den Such- und Rettungsdienst.
1986 kamen weitere Aufgaben hinzu. Zwei Flugzeuge vom Typ DO 28 OU wurden mit Sensoren ausgestattet, die Ölverschmutzungen erkennen können. Damit werden seitdem auf Nord- und Ostsee Schiffe identifiziert, die ihr Altöl illegal auf hoher See entsorgen. 1991 wurde die Do 228 in Dienst gestellt. Im September 1994 wurde der Flugbetrieb mit der Do 28 in Kiel-Holtenau eingestellt. Die beiden Do 28 OU und die Do 228 LM wurden an das Marinefliegergeschwader 3 "Graf Zeppelin" abgegeben.
Im Jahr 2009 sind einundzwanzig Sikorsky Sea King SAR-Hubschrauber in Dienst; das MFG 5 wird von insgesamt eintausend Soldaten und Zivilbeschäftigten betrieben.[1]
Im Rahmen der Neuausrichtung der Bundeswehr wurde beschlossen, dass das MFG 5 nach Nordholz verlegt wird. Der Umzug begann im Juni 2012 und soll im Oktober 2012 abgeschlossen sein. Am 22. August 2012 fand anlässlich des Umzugs ein Abschiedsempfang auf dem Marinefliegerhorst Kiel-Holtenau statt[2] Professor-